Coronavirus : le pangolin a-t-il pu servir d’hôte intermédiaire ?

L’idée d’une transmission par le mammifère le plus braconné pour sa viande et ses écailles est avancée par une équipe chinoise.

Par Publié le 07 février 2020 à 14h17 - Mis à jour le 13 février 2020 à 18h11

Temps de Lecture 4 min.

Un pangolin, dans le zoo de Taipei, en 2019.
Un pangolin, dans le zoo de Taipei, en 2019. SAM YEH / AFP

Le pangolin, mammifère couvert d’écailles, est considéré en Chine comme un mets de choix et une source de médicaments traditionnels. A-t-il été un hôte intermédiaire du nouveau coronavirus 2019-nCoV, facilitant son passage de la chauve-souris à l’homme ?

C’est l’hypothèse avancée par des chercheurs de l’université d’agriculture de Chine du Sud. Après avoir testé plus de 1 000 échantillons d’animaux sauvages, ils ont découvert que les séquences du génome des virus trouvés sur les pangolins étaient identiques à 99 % à celles des coronavirus, a rapporté, vendredi 7 février, l’agence de presse officielle Chine nouvelle.

Pour l’heure, les détails de ces travaux n’ont pas été rendus publics, et cette hypothèse doit être prise avec prudence : au début de l’épidémie, une autre équipe avait estimé que le serpent avait pu servir d’hôte intermédiaire, avant qu’un démenti soit apporté par d’autres analyses génétiques.

Une étude parue, en 2019, dans la revue Viruses apporte cependant un certain crédit à la piste du pangolin : des chercheurs cantonais avait alors décrit comment une analyse métagénomique avait mis en évidence la présence de nombreux virus, dont des coronavirus, chez des pangolins saisis par les douanes chinoises, en mars 2019, et confiés au refuge animalier de Canton, une structure destinée à accueillir des animaux issus du trafic et du braconnage.

Lire la tribune : Le commerce illicite des pangolins est toujours en hausse

Sur ces vingt et un pangolins malais (Manis javanica) saisis, seize étaient morts rapidement, pour la plupart d’affections pulmonaires. L’analyse des échantillons prélevés sur leurs dépouilles a mis en évidence la présence d’un grand nombre de virus, dont le Sendai, transmissible à l’homme, et une grande variété de coronavirus. Figuraient parmi eux des souches de SRAS-CoV, responsable du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), qui avait infecté, entre 2002 et 2004, plus de 8 000 personnes en Chine, dont 774 étaient mortes.

Espèce la plus braconnée

« Considérant l’épidémie de SRAS, qui a été transmise par une civette de palmier masquée, depuis le réservoir naturel de chauves-souris, les pangolins malaisiens pourraient être un autre hôte ayant le potentiel de transmettre le coronavirus du SRAS aux humains, indiquaient les chercheurs. En conséquence, l’étude métagénomique virale du pangolin malaisien est significative, à la fois pour la conservation des animaux sauvages rares et pour la santé publique. »

En effet, le pangolin est considéré comme l’espèce animale la plus sujette au braconnage et au trafic, notamment à destination de la Chine. Ses huit espèces (quatre africaines, quatre asiatiques) font partie des animaux dont le commerce a été suspendu par Pékin, le 26 janvier, en raison des suspicions de transmission virale à l’homme. S’il devait se confirmer que le pangolin a bien été un intermédiaire du 2019-nCoV, l’animal, en danger d’extinction, pourrait y trouver son salut, comme avant lui la civette.

Philippe Gaubert, chargé de recherche à l’Institut de recherche pour le développement, à Toulouse, qui travaille sur la mise au point d’un outil de traçage, notamment génétique, du commerce des pangolins, pour lutter contre leur trafic, considère que l’hypothèse d’une transmission virale par ce mammifère n’aurait rien « d’étonnant », notamment en raison de leur présence sur les marchés chinois.

Mais il reste prudent : « Les coronavirus sont relativement fréquents chez les mammifères sauvages. Il faudra analyser un certain nombre de pangolins avant de pouvoir conclure sur la prévalence exacte de ce virus chez les Manidae, la famille des pangolins. Et chez un certain nombre d’autres espèces sauvages… et domestiques. »

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D’autres spécialistes ne sont pas convaincus. Cité par l’agence Reuters, James Wood, chef du département de médecine vétérinaire de l’université britannique de Cambridge, a estimé que la démonstration était loin d’être robuste. « Les preuves de l’implication potentielle des pangolins dans l’épidémie n’ont pas été publiées, si ce n’est par un communiqué de presse de l’université. Ce ne sont pas des preuves scientifiques, a-t-il déclaré. Ces résultats pourraient-ils avoir été causés par une contamination provenant d’un environnement très infecté ? »

« Garantir la validité scientifique »

« Je suis d’accord avec mon confrère de Cambridge, les données doivent vraiment résister à l’examen minutieux par les pairs pour garantir la validité scientifique », estime Joseph Petrosino (Baylor College of Medicine, Houston, Texas). C’est la voie qu’il a choisie, avec un de ses collègues, Matthew Wong, qui a découvert, en conduisant une analyse bioinformatique, des similitudes troublantes entre la séquence de 2019-nCoV et celles de coronavirus de pangolins publiées dans Viruses.

« La séquence virale que nous avons découverte correspondait à la souche humaine spécifiquement dans la région qui code la protéine permettant au virus de se lier aux cellules humaines, mais le reste du virus était moins similaire à la souche humaine, explique Joseph Petrosino. Nous pensons que le virus pangolin que nous avons trouvé s’est recombiné avec la souche de chauve-souris qui a été récemment séquencée, pour former le virus qui circule… » Une hypothèse qu’il estime plus « plausible » que celle des serpents. Les données ont été soumises à une revue scientifique. Jeudi 13 février, l’équipe a les a mises en ligne sur le site BioRxiv, pour permettre leur examen par la communauté scientifique.

Pour Edward Holmes (université de Sydney, Australie), spécialiste de l’évolution des virus à ARN (acide ribonucléique), dont font partie les coronavirus, l’hypothèse du pangolin est « extrêmement intéressante » – alors qu’il avait rejeté celle du serpent comme intermédiaire. « Nous avons besoin de plus de données », a-t-il indiqué sur son compte Twitter.

Mais, selon lui, « cela pourrait être analogue à la situation de la chauve-souris et du dromadaire avec le MERS [Middle East respiratory syndrome] ». Ce coronavirus a infecté 2 500 personnes et tué 858 d’entre elles entre février 2012 et décembre 2019, principalement en Arabie saoudite. Dans ce cas, c’est le camélidé qui a constitué l’hôte intermédiaire entre la chauve-souris et l’homme.

Cet article a été actualisé pour mentionner la publication de nouveaux éléments scientifiques sur le site BioRxiv, jeudi 13 février.

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