Coronavirus : le difficile comptage des tests effectués en France

Le gouvernement vise 700 000 tests virologiques par semaine pour identifier les nouveaux cas de Covid-19. Mais les données publiques disponibles ne permettent pas de les recenser.

Par et Publié le 15 mai 2020 à 14h48 - Mis à jour le 16 mai 2020 à 05h46

Temps de Lecture 5 min.

Dépistage du Covid-19 dans un centre installé au Parlement européen à Strasbourg (Bas-Rhin), le 12 mai.

Le gouvernement vise une capacité de 700 000 tests virologiques par semaine afin d’identifier les nouveaux cas de Covid-19 et les personnes ayant été en contact rapproché avec eux. Pourtant, le flou persiste encore sur le nombre de tests effectués chaque semaine depuis le début de l’épidémie.

1. Qui pratique les tests ?

Plusieurs structures sont susceptibles d’analyser les tests dits « RT-PCR » (ou « réaction en chaîne par polymérase »), qui détectent si l’ARN, le matériel génétique du virus SARS-CoV-2, se trouve dans les prélèvements. Il s’agit notamment :

  • des laboratoires hospitaliers ;
  • des laboratoires privés de biologie médicale : certains d’entre eux font partie du réseau privé 3-Labos (Eurofins Biomnis, Cerba et Inovie), qui transmet des données de façon automatisée et analyse des prélèvements effectués en ville et des prélèvements d’origine hospitalière ;
  • des laboratoires publics de recherche et des laboratoires vétérinaires départementaux, qui peuvent tester des échantillons sous la supervision d’un laboratoire de biologie ou d’un centre hospitalier.
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2. Combien de tests sont effectués chaque semaine ?

Selon le dernier point épidémiologique hebdomadaire national de Santé publique France, près de 76 000 tests auraient été pratiqués en milieu hospitalier du lundi 27 avril au dimanche 3 mai, dernière semaine pour laquelle des données exhaustives sont disponibles. Sur data.gouv.fr, l’agence publique recense également le nombre de tests pratiqués dans certains laboratoires de ville : pas moins de 36 000 (toutes classes d’âge confondues) y auraient été réalisés sur la même période, ce qui porte le total des tests effectués sur la semaine à environ 112 000, selon les données publiques disponibles.

Un total très loin de l’objectif de 700 000 tests affiché par le gouvernement. Mais attention, il s’agit seulement d’une partie des tests pratiqués en France. En effet, faute de système d’information adapté, impossible pour l’heure de connaître de manière exhaustive le nombre de tests pratiqués par tous les laboratoires de biologie médicale en France.

3. Comment est fait le décompte ?

La surveillance exercée par le réseau privé 3-Labos (Eurofins Biomnis et Cerba), qui inclut depuis peu les données du laboratoire Inovie, est loin de couvrir l’intégralité des prélèvements effectués en France. C’est très variable selon les régions : en Auvergne-Rhône-Alpes, Santé publique France précise que 3-Labos représente seulement 20 % des tests faits par les laboratoires de ville. Pour compléter ces données, les laboratoires de virologie ne faisant pas partie de ce réseau « font remonter chaque semaine des données agrégées par courriel », fait savoir l’agence régionale de santé. Une méthode artisanale pratiquée dans plusieurs autres régions.

François Blanchecotte, président du Syndicat des biologistes, évalue, dans un entretien à La Croix, à « environ 285 000 » le nombre de « tests virologiques réalisés en France chaque semaine », une estimation incluant les hôpitaux publics, le réseau 3-Labos, les laboratoires adhérents du syndicat, et en extrapolant les données manquantes sur la base des capacités du reste des laboratoires, notamment vétérinaires.

4. Que va changer le nouveau fichier Sidep ?

La création d’un nouveau « système d’information » permettant de centraliser tous les résultats de tests de manière systématique a été prévue dans la loi prorogeant l’état d’urgence sanitaire. Il s’agit du fichier Sidep – pour « service intégré de dépistage et de prévention » – qui doit, selon le ministère de la santé, remonter les données de plus de « 600 laboratoires d’analyses publics et privés ».

Un décret publié mercredi 13 mai autorise sa mise en œuvre en même temps que Contact Covid, destiné à recenser les contacts des malades. En attendant la publication des données issues de ce système, la transition peut compliquer la lecture de certains bilans sanitaires : dans le Grand-Est par exemple, le dernier point hebdomadaire de Santé publique France rend compte d’une baisse importante des tests enregistrés par le système de surveillance de 3-Labos. Mais cette diminution est liée à l’entrée en vigueur progressive des « nouveaux outils de déclaration des tests », affirme l’agence régionale de santé.

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5. Quel matériel est nécessaire pour tester massivement ?

Pour autant, même avec la mise en place de ce système de décompte des tests, est-on prêt à faire les 700 000 tests promis par le gouvernement ? Une fois les laboratoires et matériels recensés et réquisitionnés, la difficulté principale pour développer et assurer un dépistage à grande échelle reste l’approvisionnement en réactifs chimiques et en écouvillons (les grands Coton-Tige utilisés pour le prélèvement).

Pour mener les tests dits RT-PCR, les laboratoires ont en effet besoin de plusieurs produits, appelés des « réactifs » :

  • l’extracteur d’ARN, qui permet d’extraire le génome du virus ;
  • les amorces, qui sont de courts fragments d’ADN du virus permettant d’isoler la partie du génome dont on veut tester la présence ;
  • l’enzyme transcriptase inverse, qui va traduire l’ARN du virus en ADN, dont on va ensuite évaluer la présence.

6. Y a-t-il des risques de pénurie de tests ?

Les laboratoires ont connu de grandes difficultés d’approvisionnement jusqu’en avril, ce qui a affaibli considérablement les capacités effectives de dépistage en France. Le 20 mars, Jean-François Delfraissy, le président du conseil scientifique sur le Covid-19, avait alerté sur cette pénurie dans Le Monde :

« Les laboratoires privés vont s’y ajouter mais nous avons un énorme problème avec les réactifs utilisés dans les tests. Ces réactifs de base proviennent de Chine et des Etats-Unis. La machine de production s’est arrêtée en Chine et les Etats-Unis les gardent pour eux. »

Le 7 avril, une lettre de l’ordre des médecins et des pharmaciens, ainsi que de huit autres syndicats de professions médicales, à l’attention d’Olivier Véran, soulignait que cette pénurie limitait le nombre de tests effectués, en dépit des moyens en machines et en techniciens dont les laboratoires se sont munis. La situation s’est améliorée, mais plusieurs laboratoires continuent d’alerter sur le manque de réactifs et de matériel, notamment d’écouvillons.

Jean-François Blanchecotte, du Syndicat des biologistes, se veut « optimiste » mais pointe un « bémol » : « Si d’un seul coup une centaine de personnes était détectée positive dans une ville, il faudrait alors dépister les cas contacts, ce qui fait rapidement 2 500 personnes. Cela peut mettre en difficulté les laboratoires sur place. » De fait, dans une partie des laboratoires, le stock de matériel réactif ou d’écouvillons n’est que d’une semaine, ce qui reste insuffisant pour tenir une cadence élevée en cas de détection d’un foyer épidémique (ou « cluster »).

La sécurité des stocks dépend ainsi beaucoup du niveau des demandes de tests, qui restent plutôt inférieures aux capacités, selon M. Blanchecotte. Dans son laboratoire de Joué-les-Tours, le biologiste déclare faire « 800 tests Covid-19 par jour, alors qu’[il a] la capacité d’en faire 3  000 ». Un constat partagé par Jean-Louis Hunault, le président du Syndicat de l’industrie du médicament et réactif vétérinaires (SIMV), qui rappelle que « nos industriels seront en mesure de répondre à des besoins, et les laboratoires d’analyse vétérinaires sont prêts », mais que leur activité reste réduite pour l’instant.

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